公积金贷款可以从公积金账户扣，也可以从借款人的借记卡里扣，或者是借款人支付现金都是可以的，借款人可以选择适合自己的还款方式。需要注意的是，如果办理了公积金冲还还贷，每月公积金机构直接扣除贷款数额。但如果没有达到公积金贷款数额，就必须在公积金所绑定的银行卡账户里有足够的余额，到时自动划扣公积金贷款不足部分。
公积金如何贷款?
1、初审：住房资金管理会对申请人提交的材料进行初步审查，包括申请人资格、贷款的额度、贷款的期限，经初审合格以后，由出具《抵押物审核评估通知单》。
2、评估：申请人拿《抵押物审核评估通知单》到指定的评估机构，对所购买的房屋价值进行评估。但是经济适用房是不需要评估的。
3、审核：申请人拿评估机构出具的《评估报告》以及要求的初审材料到进行贷款审核。假如合格，会开具《住房资金管理担保委托贷款调查通知单》。
4、办理担保手续：申请人拿《住房资金管理担保委托贷款调查通知单》，根据自己选择的担保方式办理担保手续。如果选择抵押+保证的方式，保证人应该出具书面的担保函;如果选择抵押+保险或第三人保证的方式，应该到保险公司投保或到担保机构办理委托担保手续。
5、签订借款合同。
6、住房资金管理与受托行签订委托贷款协议。
