6月16日0时至24时，北京新增报告本地确诊病例31例、疑似病例3例、无症状感染者6例。截至6月16日24时，累计报告本地确诊病例557例，累计出院411例，在院137例，累计死亡9例。尚在观察的无症状感染者12例。
6月16日0时至24时，无新增报告境外输入新冠肺炎确诊病例、疑似病例和无症状感染者。截至6月16日24时，累计报告境外输入确诊病例174例，累计出院173例，在院1例。
新增确诊病例中，东城区3例、西城区1例、海淀区3例、丰台区19例、大兴区5例。
全市有11个区无本地报告新增确诊病例，具体为平谷区自有疫情以来无报告病例、延庆区145天、怀柔区131天、顺义区129天、密云区126天、昌平区120天、通州区118天、朝阳区2天、石景山区2天、门头沟区1天、房山区1天。
6月16日晚，北京市召开疫情防控新闻发布会，就北京防控疫情等相关情况进行通报，并回答记者提问。
会上，北京市政府副秘书长陈蓓通报，经北京市新冠肺炎疫情防控领导小组研究，将北京重大突发公共卫生事件三级应急响应上调为二级。二级响应下，要强化的措施包括：恢复社区封闭式管理，测温、查证、验码、登记等四项措施后才能进入，中高风险街道乡镇所辖小区外来人员及车辆禁止进入，高风险街道乡镇辖区小区全封闭，人员只进不出。在十类人员核酸检测应检尽检的基础上，对过去14天内到过新发地、玉泉东、天陶红莲市场等重点区域人员及密接者落实检测全覆盖，并根据需要扩大检测范围。
陈蓓表示，应急响应级别调整到二级后，本市停止开放篮球、排球、足球等团体性及对抗性运动项目，关闭文化娱乐场所以及地下空间健身场所等。
